Sau khi có kết quả trúng thầu, chủ đầu tư và nhà thầu thương thảo và kí hợp đồng với các nội dung như quy định của hồ sơ mời thầu. Giá trúng thầu cũng được xét như quy định đã ghi rõ trong hồ sơ mời thầu, khi hai bên đã thống nhất kí kết hợp đồng kinh tế theo quy định của pháp luật thì bắt buộc các bên phải thực hiện, bên nào vi phạm bên đó phải chịu trách nhiệm theo luật định. Đề nghị phải có hợp đồng mẫu để thống nhất thực hiện trong toàn ngành tránh tình trạng thiếu minh bạch, không rõ ràng, mất bình đẳng như hiện nay.

BHXH Việt Nam luôn tôn trọng kết quả lựa chọn nhà thầu của chủ đầu tư và hợp đồng cung ứng thuốc giữa nhà thầu trúng thầũ và cơ sở y tế. Tuy nhiến nội dung Hiệp hội Doanh nghiệp Dược Việt Nam nêu liên quan đến hồ sơ mời thầu đã được nhà thầu cam kết trong hồ sơ dự thầu (Ví dụ: tại Sờ Y tế Thành phố Hồ Chí Minh). Vì vậy, nhà thầu có ừách nhiệm thực hiện đúng cam kết trong hồ sơ dự thầu. BHXH Việt Nam đề nghị Bộ Y tế nghiên cứu hướng dẫn các cơ sở y tế và xây dựng hướng dẫn bổ sung trong Thông tư sửa đổi, bố sung Thông tư số 11/2016/TT-BYT.