Theo phản ánh của bà Nga, Công ty TNHH CLINK Việt Nam được Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Hà Nội cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp ngày 29/7/2015. Ngày 5/8/2015, Công ty đã thực hiện đăng ký tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và đã được Chi cục Thuế Ba Đình chấp thuận.
Ngày 18/2/2016, Công ty nhận được thông báo về việc chậm nộp Mẫu 06/GTGT do doanh thu dưới 1 tỷ đồng tính đến tờ khai thuế GTGT quý 3/2015. Theo đó, Công ty phải chuyển sang tính thuế theo phương pháp trực tiếp.
Tuy nhiên, theo bà Nga, Công ty đã căn cứ hướng dẫn tại Công văn số 5460/TCT-KK ngày 18/12/2015 của Tổng cục Thuế để ước tính doanh thu và xác định doanh thu đã đạt ngưỡng trên 1 tỷ đồng và không phải nộp Mẫu 06/GTGT.
Bà Nga đề nghị cơ quan chức năng xem xét, hướng dẫn trường hợp của Công ty. Bà Nga cũng muốn biết, để được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế cho năm 2016, Công ty của bà cần làm những thủ tục gì?
Về vấn đề này, Cục thuế TP. Hà Nội có ý kiến như sau:
Điểm b, Khoản 2, Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về cách xác định ngưỡng doanh thu làm căn cứ xác định cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với cơ sở kinh doanh mới thành lập như sau:
“Tổng cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của HHDV bán ra chịu thuế GTGT” trên Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế các tháng hoạt động sản xuất kinh doanh chia (:) số tháng hoạt động sản xuất kinh doanh và nhân với (x) 12 tháng.
Trường hợp theo cách xác định như trên, doanh thu ước tính từ 1 tỷ đồng trở lên thì doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Trường hợp doanh thu ước tính theo cách xác định trên chưa đến 1 tỷ đồng thì doanh nghiệp áp dụng phương pháp tính trực tiếp trong hai năm, trừ trường hợp doanh nghiệp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế".
Căn cứ hướng dẫn trên, Công ty TNHH CLINK Việt Nam thành lập ngày 29/7/2015 có doanh thu chịu thuế GTGT (Chỉ tiêu 27) trên tờ khai thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT), quý 3/2015 của đơn vị là 0 đồng.
Trước thời hạn nộp hồ sơ đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp tính thuế GTGT khấu trừ ngày 20/12/2015 đơn vị nộp duy nhất tờ khai thuế GTGT quý 3/2015, do đó ngưỡng doanh thu để làm căn cứ xác định phương pháp tính thuế GTGT cho năm 2016, 2017 là dưới 1 tỷ đồng. Đơn vị thuộc đối tượng nộp thông báo đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp tính thuế GTGT khấu trừ (Mẫu 06/GTGT) cho năm 2016, 2017.
Cục Thuế TP. Hà Nội đã chỉ đạo Chi cục Thuế Ba Đình hướng dẫn người nộp thuế bổ sung Mẫu 06/GTGT đăng ký phương pháp tính thuế GTGT khấu trừ tự nguyện áp dụng cho năm 2016, 2017.
Ngày 15/4/2016 Chi cục Thuế Ba Đình đã ban hành Thông báo số 5211/TB-CCT chấp thuận nội dung phương pháp tính thuế GTGT khấu trừ của đơn vị.