Chính phủ đã ban hành Nghị định 120/2016/NĐ-CP tập trung quy định về kê khai, thu, nộp phí, lệ phí; quản lý, sử dụng phí; quyết toán phí, lệ phí; trách nhiệm của cơ quan nhà nước, tổ chức trong việc thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí.

4 cấp có thẩm quyền quy định về kỳ kê khai, nộp phí, lệ phí 

Theo hướng dẫn mới, người nộp phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí theo tháng, quý, năm hoặc theo từng lần phát sinh.

Căn cứ tính chất, đặc điểm của từng khoản phí, lệ phí, Ủy ban thường vụ Quốc hội, Chính phủ, Bộ trưởng Bộ Tài chính, Hội đồng nhân dân cấp tỉnh (4 cấp) có thẩm quyền quy định cụ thể kỳ kê khai, nộp phí, lệ phí cho phù hợp.

Nghị định nêu rõ, tổ chức thu lệ phí thực hiện nộp toàn bộ tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước (NSNN), đồng thời thực hiện kê khai, nộp lệ phí theo tháng, quyết toán lệ phí năm theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

Định kỳ hàng ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí thu được vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.

Căn cứ số tiền phí thu được nhiều hay ít, nơi thu phí xa hay gần Kho bạc Nhà nước, 4 cấp có thẩm quyền quy định định kỳ ngày; tuần hoặc tháng tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong kỳ vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách.

Tổ chức thu phí thực hiện kê khai tiền phí thu được theo tháng, quyết toán năm theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và nộp tiền phí phải nộp vào NSNN, sau khi trừ số tiền phí được để lại.

Đối với tổ chức thu phí sử dụng đường bộ, cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, thu, nộp theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện lập và cấp chứng từ thu phí, lệ phí theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

3 nguyên tắc quản lý và sử dụng phí

Theo hướng dẫn tại Nghị định 120, thì phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào NSNN, trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ theo tỷ lệ xác định; phần còn lại (nếu có) nộp NSNN.

Trong đó, cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động bao gồm: Cơ quan thực hiện cơ chế tài chính theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước; cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài; Cơ quan công an, quốc phòng được giao cung cấp dịch vụ, phục vụ công việc quản lý nhà nước được thu phí theo quy định của Luật Phí và lệ phí.

Nguyên tắc thứ hai là, phí thu từ các hoạt động dịch vụ do đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện được để lại một phần hoặc toàn bộ số tiền phí thu được để trang trải chi phí hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí theo tỷ lệ xác định quy định tại Điều 5 Nghị định 120; phần còn lại (nếu có) nộp ngân sách nhà nước.

Thứ ba, phí thu từ các hoạt động dịch vụ do tổ chức được cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao thực hiện được để lại một phần hoặc toàn bộ số tiền phí thu được để trang trải chi phí hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí được xác định theo quy định tại Điều 5 Nghị định 120; phần còn lại (nếu có) nộp NSNN, trừ trường hợp Chính phủ có quy định khác thì thực hiện theo quy định của Chính phủ. Số tiền phí được để lại là doanh thu của tổ chức thu phí./.