Tại khoản 2 Điều 4 Nghị định số 164/2016/NĐ-CP ngày 24/12/2016 của Chính phủ về phí BVMT đối với khai thác khoáng sản quy định: “Khung mức phí BVMT đối với khai thác khoáng sản theo Biểu khung mức phí ban hành kèm theo Nghị định này” và giao thẩm quyền cho Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định mức cụ thể áp dụng tại địa phương cho phù hợp với tình hình thực tế trong từng thời kỳ (khoản 4 Điều 4).
Quy định trên nhằm đảm bảo về mức phí BVMT đối với từng loại khoáng sản tại mỗi mỏ, mỗi địa phương sát với thực tế. Hoạt động khai thác khoáng sản giữa các mỏ, tại các vị trí, địa bàn khác nhau là rất khác nhau, do hàm lượng quặng khoáng sản nguyên khai; hệ số bóc đất, đá… khác nhau. Ví dụ: các mỏ quặng sắt ở Lào Cai, Hà Tĩnh thường có hàm lượng sắt thấp, quặng sắt chỉ chiếm khoảng 20-30% khối lượng khoáng sản nguyên khai; trong khi mỏ quặng sắt ở Thái Nguyên có hàm lượng cao hơn (50-60%), do đó, mức phí nếu quy định cụ thể trong Nghị định thì có thể phù hợp với mỏ này, địa phương này nhưng không phù hợp với mỏ khác, địa phương khác.
Tại khoản 4 Điều 5 Nghị định số 164/2016/NĐ-CP quy định: “Trường hợp khoáng sản khai thác phải qua sàng, tuyển, phân loại, làm giàu trước khi bán ra và các trường hợp khác mà cần thiết phải quy đổi, căn cứ điều kiện thực tế khai thác và công nghệ chế biến khoáng sản trên địa bàn, Sở Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Cục thuế địa phương để trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định tỷ lệ quy đổi từ số lượng khoáng sản thành phẩm ra số lượng khoáng sản nguyên khai làm căn cứ tính phí BVMT đối với từng loại khoáng sản cho phù hợp với tình hình thực tế của địa phương”.
Trên thực tế, chỉ cơ quan quản lý địa phương mới có thể nắm sát nhất tình hình khai thác khoáng sản và tác động đến môi trường của từng mỏ khai thác tại địa bàn. Trường hợp cần thiết phải quy đổi từ số lượng khoáng sản thành phẩm ra số lượng khoáng sản nguyên khai để phù hợp thực tế quản lý thu phí vì mỗi mỏ, loại khoáng sản có hàm lượng quặng, phương thức và quy trình khai thác,… khác nhau. Do vậy, Nghị định số 164/2016/NĐ-CP quy định giao thẩm quyền cho Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định tỷ lệ quy đổi là phù hợp với tình hình thực tế. Nếu quy định các tiêu chí áp dụng chung cho cả nước sẽ không khả thi trong thực hiện.