Các khó khăn vướng mắc: Về quản lý đất đai, quản lý vùng nguyên liệu: Tổng Công ty đã thực hiện giao khoán vườn chè theo Nghị định 01 từ năm 1995 cho các hộ làm chè, nên không còn diện tích canh tác tập trung nữa, cây chè trên đất thuộc sở hữu của người lao động nên gây khó khăn trong việc quản lý về thu mua nguyên liệu, về bảo vệ thực vật đặc biệt là sử dụng thuốc BVTV thuộc diện cấm, thuốc diệt cỏ… Về sự cạnh tranh không hợp lý do vùng nguyên liệu của doanh nghiệp quản lý và đầu tư các nhà máy không có vùng nguyên liệu vào tranh mua làm cho vườn chè bị xuống cấp nghiêm trọng (vườn chè ở Yên Bái, Phú Thọ, Mộc Châu…) Việc quản lý bảo vệ thực vật sử dụng thuốc cấm có nguồn gốc từ Trung Quốc Tiền thuê đất sản xuất nông nghiệp đối với các doanh nghiệp trong khi các hộ dân cũng trồng cây chè không phải chịu thuế này là sự chưa công bằng gây áp lực lớn cho doanh nghiệp. Chi phí vận chuyển cao, chi phí trên đường nhiều (thường là không có chứng từ) Nạn hàng giả, hàng trốn thuế của các cá nhân, hộ kinh doanh… mà những doanh nghiệp lớn, hoạch toán và kiểm toán minh bạch không thực hiện gây khó khăn cho việc bán hàng nội tiêu do bán có thuế thường cao hơn

• Bộ tài chính: Liên quan đến đơn giá thuê đất của công ty nông, lâm nghiệp; nhằm góp phần nâng cao năng suất, chất lượng và khả năng cạnh tranh của hàng nông, lâm, thủy sản Việt Nam theo chủ trương của Đảng và Nhà nước, chính sách thu tiền thuê đất hiện hành (Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ) đã quy định đối với đất sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản thì đơn giá thu tiền thuê đất thấp hơn mức bình quân chung (bình quân là 1%, đất sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp không thấp hơn 0,5%). Đồng thời, chính sách chung về thu tiền thuê đất cũng quy định việc ưu đãi (miễn, giảm) tiền thuê đất được thực hiện theo quy định của Chính phủ về ưu đãi đầu tư trong nông nghiệp, nông thôn nhằm mục đích ưu đãi cao hơn so với các đối tượng khác.       Bên cạnh đó, thực hiện Nghị quyết số 30-NQ/TW ngày 12/3/2014 của Bộ Chính trị về tiếp tục sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của các công ty nông, lâm nghiệp; Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 207/2014/TT-BTC ngày 26/12/2014 quy định về xác định tiền thuê đất đối với công ty nông nghiệp, lâm nghiệp sử dụng đất vào mục đích sản xuất nông, lâm nghiệp; trong đó quy định: (i) Tỷ lệ % tính đơn giá thuê đất sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản với mức là 0,5%; (ii) Giá đất tính thu tiền là giá đất do UBND cấp tỉnh ban hành nhân (x) với hệ số điều chỉnh giá đất; (iii) đối với diện tích đất thuê thuộc nhiều địa bàn, khu vực, vị trí có giá đất và hệ số điều chỉnh giá đất khác nhau thì giá đất được xác định theo mức giá bình quân gia quyền cho toàn bộ diện tích đất thuê. Quy định này là phù hợp với thực tế thuê đất và hỗ trợ tối đa nhằm giảm bớt khó khăn cho các công ty nông, lâm nghiệp theo tinh thần của Đảng và Nhà nước.
• Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã tham mưu Chính phủ ban hanh Nghị địnkl 68/2016/NĐ-CP ngày 27/12/2016 quy định vê khoán rừng, vườn cây và diện tích mặt nước trong các ban quan lý rừng đặc dung, rừng phòng hô và Công ty TNHHMTV nông, lâm nghiệp nhà nước thay thế cho Nghị định 135 của Chính phủ. Doanh nghiệp thũè¹ đất thực hiện các quyền theo quy định của Luật đât đai 2013, các điều từ 173đến 178.