Hiện cơ quan này đang xây dựng dự thảo Thông tư hướng dẫn chế độ kế toán dành riêng cho nhóm doanh nghiệp siêu nhỏ theo hướng đơn giản, dễ áp dụng và không làm phát sinh thêm nhân sự kế toán - hành chính. Theo dự thảo, doanh nghiệp không bắt buộc triển khai đầy đủ hệ thống tài khoản kế toán như trước mà chủ yếu theo dõi bằng các sổ sách cơ bản, từ đó tổng hợp số liệu lập báo cáo tài chính.

Nội dung dự thảo cũng phân loại hướng dẫn kế toán theo phương pháp tính thuế. Đối với doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo tỷ lệ % trên doanh thu, chỉ cần mở sổ theo dõi doanh thu bán hàng, dịch vụ theo từng nhóm ngành có cùng mức thuế suất để làm căn cứ xác định số thuế phải nộp.

Với những trường hợp khác - chẳng hạn doanh nghiệp tính thuế TNDN dựa trên thu nhập tính thuế hoặc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT - dự thảo yêu cầu bổ sung một số sổ chi tiết nhằm theo dõi doanh thu, chi phí, hàng tồn kho, tiền và các nghĩa vụ thuế liên quan.

Góp ý cho dự thảo, Hội Kiểm toán viên hành nghề Việt Nam (VACPA) cho rằng việc xác định đúng doanh thu và chi phí có ý nghĩa then chốt, đặc biệt với doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế TNDN theo thu nhập tính thuế. Do đó, cơ quan soạn thảo nên hướng dẫn cụ thể về căn cứ, thời điểm ghi nhận cũng như chứng từ sử dụng để đảm bảo minh bạch cho cả người nộp thuế và cơ quan kiểm tra.

VACPA dẫn trường hợp doanh nghiệp cung ứng dịch vụ, khi thời điểm lập hóa đơn có thể không trùng với thời điểm đủ điều kiện ghi nhận doanh thu. Ví dụ, nếu doanh nghiệp thu tiền trước từ khách hàng thì phải xuất hóa đơn tại thời điểm nhận tiền theo quy định thuế, song việc ghi nhận doanh thu kế toán có thể phụ thuộc vào điều kiện hoàn thành dịch vụ.

Tổ chức này cũng đề nghị làm rõ doanh nghiệp siêu nhỏ phải tuân thủ những quy định nào của pháp luật kế toán, như quy định về lưu trữ, bảo quản và tiêu hủy tài liệu kế toán, nhằm xác định rõ trách nhiệm trong quản lý chứng từ.

Trong khi đó, Cục Thuế Việt Nam đề xuất cân nhắc bổ sung hướng dẫn cho phép sử dụng dữ liệu hóa đơn điện tử làm căn cứ ghi sổ kế toán. Theo cơ quan này, nhiều doanh nghiệp siêu nhỏ thực tế không phát sinh nhu cầu sử dụng các sổ chi tiết như sổ vật liệu, tài sản cố định hay vốn chủ sở hữu, vì vậy có thể cho phép lựa chọn mở sổ để giảm áp lực tuân thủ.

Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp siêu nhỏ là đơn vị có không quá 10 lao động tham gia bảo hiểm xã hội và doanh thu hằng năm dao động từ 3–10 tỷ đồng, tùy theo lĩnh vực hoạt động.