Theo VTCA, khi doanh thu vượt 1 tỷ đồng, hộ kinh doanh phải truy hồi số thuế tính trên toàn bộ 1 tỷ đồng trước đó được trừ. Điều này tạo ra chênh lệch lớn, có thể lên tới vài chục triệu đồng, từ đó tạo tâm lý chia tách hộ, chia tách hoạt động kinh doanh để giữ doanh thu dưới 1 tỷ đồng.

Trả lời đề xuất này, Bộ Tài chính cho biết thuế GTGT được áp dụng thống nhất từ khâu sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng theo cơ chế khấu trừ, trong đó người tiêu dùng là người nộp thuế.

Nếu áp dụng miễn thuế GTGT đối với doanh nghiệp, doanh nghiệp sẽ được hưởng khoản thuế của nhà nước, đồng thời tạo ra sự không bình đẳng đối với cùng một hàng hóa, dịch vụ do các doanh nghiệp có quy mô, doanh thu khác nhau cung cấp.

Giá hàng hóa, dịch vụ có thể có hoặc không có thuế GTGT, ảnh hưởng đến chuỗi thuế GTGT do thuế GTGT đầu ra của doanh nghiệp này là thuế GTGT đầu vào của doanh nghiệp khác để khấu trừ, hoàn thuế.

Theo Bộ Tài chính, khác với doanh nghiệp, hộ kinh doanh chỉ tính thuế GTGT theo tỷ lệ trên doanh thu, không sử dụng hóa đơn GTGT có ghi thuế suất mà sử dụng hóa đơn bán hàng. Hóa đơn bán hàng không phải là chứng từ để doanh nghiệp khác sử dụng khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Vì vậy, pháp luật thuế GTGT từ trước đến nay quy định hộ kinh doanh có doanh thu thấp không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT nhằm hỗ trợ các hộ kinh doanh có thu nhập thấp, đồng thời giảm chi phí kê khai, nộp thuế và chi phí quản lý thuế.